Вот посмотрел разные таблицы зданий и не нашёл в них пометок, какие здания можно только по одному строить, какие нельзя сносить... Может кто подскажет перечень таковых.

Башня артефактов, военная база, конструктор кристаллов и другие. Если оно построено, то к постройке уже не будет предложено и в характеристиках уже построенного здания уже есть отметка, что оно уникальное.

Еще
Кадериумный пресс, Кафедральный собор, Храмы, Посольство, Гондола транспортер, Сканер, Управдение разведкой, Центр шпионажа, Призма, коннекторы торговли.
Вот такие