Как ведутся боевые действия, если на соте есть более одной армии? Ведется ли бой с обеими? А если одна относительно нормальная по величине, а вторая микроскопическая? Будет ли вторая походя уничтожена либо на нее не обратят внимание?

бой будет с обеими армиями....

Две армии будут драться отдельно, причем урон вражеской армии будет таким же, как если бы все юниты были в одной армии, но твои защищающиеся армии каждая получит урон такой же, как если бы она была одна. Вывод - при обороне все армии должны быть слиты в одну (внутреннюю).