как заставить армию защищать свою территорию?

юниты создаваемые на военных фабриках попадают вовнутреннюю армию в военной базе она автоматически защищает соту.

Все войка, находящиеся на соте, её защищают. Не важно, находятся ли эти войска во внутренней армии или в любой другой, даже если эта армия прилетела с другой соты...

И даже артефакты на них всех, расспростроняються

Пока низкий рейт не надо ничего защищать.Прячь в коннектор и армию,и ресы.

А вообще вам в этот топик:

forum/viewtopic.php?p=2448892#2448892

Учить, учить и учить...