От армий проценты не берутся. А "пролетел над армией" значит его армия была силней твоей в 5 или более раз, и захватчик победил без боя.

Но есть ведь и другие способы прятать ресы и об этом Вам уважаемые ньюбы подскажут в альянсе.
Вступление в альянс единственный способ развиться.
А иначе СОЖРУТ.

Можно гораздо дешевле прятать, заказал постройку зданий и юнитов по максимуму и отправляй ресы на колонию, а оттуда обратно на домашку, время прибытия ты знаешь, постарайся быть в инете в момент прилета и повтори процедуру.