Когда ворота деактивированы то все здания находящиеся в центральной соте тоже деактивированны. а если я активирую ворота здания тоже активируются?

Нет, их придется активировать самому (это занимает определенное время)

а когда ворота активированы и меня в он лайне нету на меня напасть могут?

Да, могут.

Лучше иногда заходить - проверять соту, вдруг на тебя кто-то летит)

а как узнать напали на меня или нет?

Когда на тебя летят мигает красная лампочка внизу. А посмотреть кто прилетал, когда тебя не было в игре можно в военной базе в обзоре сражений.

И еще будет мигать веселькая зеленая лампочка, нажав на которую получишь пару "Военных сообщений"