существует ли возможность убрать с моей соты управление разведки и центр шпионажа, если нет, то когда они начнут работать?

Да...так как эти здания уникальны их можно удалить лиш воспользовавшись платной услугой...
См платные услуги тут...
http://www.destinysphere.ru/?p=serv_rus

Почему в сфере не функционирует шпионаж? В этом плане ведутся доработки игры?

Нет, просто сферщики считают, что шпионаж бесполезен. Вместо этого мы предпочитаем отправлять армии из одного юнита. Работает безотказно!

С чего ты взял? Вообще-то есть более важные вещи для разработки, чем шпионаж...

Наука шпионаж деактивированна...и здания тоже