если я сношу здание и в это время там размещены артефакты, что с ними случится?

Переместятся в хранилище артефактов в археологическом центре. Короче, ничего с ними не будет.

ну я так и предполагал.

это проверено?

Проверено, и неоднократно. Арты попадут в хранилище в арх. институте.