При нападении на твою соту созданная тобой армия защищается автоматически или нет? Если нет, то как?

Автоматически. Причем защищаются все армии, что есть на соте. Если во время боя на защиту придет союзная армия (или твоя вернется) - в следующем раунде тоже будет участвовать.