Я только развиваюсь и постоянно поднимаюсь в рейтинге, но несколько раз было что у меня уменьшалось количество очков (например было 198 тыс. а стало 196). Я еще не открыл центральные ворота и не веду войну. За что снимают очки???

Очки считаются относительно среднего уровня всех игроков. Т.е. тут очки величина относительная и если средний уровень игроков становится выше, то соответственно у тебя очки уменьшаются.
Другими словами это означало, что ты развиваешься медленнее чем в среднем по игре.

В чем разница между очками в общем рейтинге и сотовом рейтинге???

Общий -- это относительный рейтинг, относительно среднестатистического игрока (Средне_статистический_игрок имеет 100'000) Учитывается армия, наука, ресы, постройки и все, все, все...

Сотовый рейтинг вычисляется путем сложения очков за построеные здания(см тут http://www.destinysphere.ru/ds/buildings.php) и рессурсов на соте в данный момент(как считается я не знаю. Кстати кто знает напишите).

Кажется так. Поправьте если не прав.