Не могу отремонтировать их, условия для ремонта выполнены, нахожусь в воранере

У Вас на соте не должно вестись одновременно строительство или апгрейд более двух зданий. При достаточных ресах и науке нажимаете на ворота и кнопку "улучшить".

точно, токо у нас можно строить сразу три здания

Апгрейд тоже считается строительством, то есть ворота и будут третьей стройкой.