Пробляма такая: Нападали на меня много и я закрылся - а после открытия пропала опция построить колонизационный центр!
Как же так?

Вы уж посмотрите как там и чего там пожалуйста.
По-моему суть бага в том, что он уже строился когда ворота закрылись и вырубили постройку. А поскольку его можно построить только 1 штуку, то и опция пропала.
Примите меры.